Er war der Lieblingsschüler von Paulus, Co-Autor von sechs Paulusbriefen, und Empfänger von zweien.
Er war Sohn einer gläubigen jüdischen Frau und eines griechischen Vaters und wurde schon von Kindheit an in den Heiligen Schriften von seiner Großmutter Lois und seiner Mutter Eunike unterrichtet (2.Tim 1,5), später von Paulus. Daran erinnert Paulus seinen Schüler eindringlich:
Du aber bleibe in dem, was du gelernt hast und was dir zur Gewissheit geworden ist, da du weißt, von wem du es gelernt hast, und weil du von Kindheit an die heiligen Schriften kennst, welche die Kraft haben, dich weise zu machen zur Errettung durch den Glauben, der in Christus Jesus ist. (2.Tim 3,15-16)
Paulus bezeichnete Timotheus als "sein echtes Kind im Glauben" (1.Tim 1,2), was die innige Lehrer-Schüler Beziehung ausdrückt, die schon fast wie Vater-Kind war. Und so redet Paulus in seinen Briefen Timotheus mit "mein Sohn" (1.Tim 1,18) oder "mein geliebtes Kind" (2.Tim 1,2. 1.Kor 4,17) an, was aber stets nur im Sinne einer geistlichen Verwandtschaft gemeint ist. Timotheus war nicht der leibliche Sohn von Paulus, wie vielleicht manche meinen.
Wie kamen aber Paulus und Timotheus zusammen? Es war auf Paulus zweiter Reise als dieser nach Lystra kam.
Er kam aber nach Derbe und Lystra. Und siehe, dort war ein Jünger namens Timotheus, der Sohn einer gläubigen jüdischen Frau, aber eines griechischen Vaters; der hatte ein gutes Zeugnis von den Brüdern in Lystra und Ikonium. Diesen wollte Paulus mit sich ziehen lassen. Und er nahm ihn und ließ ihn beschneiden um der Juden willen, die in jener Gegend waren; denn sie wussten alle, dass sein Vater ein Grieche war. (Apg 16,1-3)
Paulus erkannte anscheinend sofort, was er an Timotheus hatte, machte ihn zu seinem Schüler und kümmerte sich um ihn wie um einen Sohn (s.o.), den er umgehend beschneiden ließ. Viele Bibelleser verwirrt, dass Paulus Timotheus beschneiden ließ, wo doch Paulus den Brief des Apostelkonzils in der Tasche hatte und überall verteilte (Apg 16,4), wonach die Beschneidung eigentlich vom Tisch sein sollte, oder? Diese verwirrten Bibelleser übersehen dabei mindestens zwei Dinge: erstens wurde Timotheus gar nicht richtig nach dem Gesetz Moses beschnitten (denn das musste unbedingt im Säuglingsalter am achten Tag nach der Geburt stattfinden (3.Mo 12,3) und somit war es in Wirklichkeit kein Rückschritt in die Beschneidung nach dem Gesetz, die Paulus ja energisch ablehnte (siehe weiter oben) und zweitens tat er es nur "um der Juden willen", weil Paulus vorhatte, Timotheus überall in die Synagogen mitzunehmen - und dort durften nur Beschnittene hinein. Es war also ein Mittel zum Zweck, rein proforma, um Zutritt zu einem wichtigen Dienst zu erfüllen. Unbeschnittene waren in den Synagogen streng verboten. Mehr dazu im Abschnitt "Paulus, die Juden, und das Gesetz".
Von da an war Timotheus ein treuer Schüler, Mitarbeiter und Reisegefährte seines Lehrers Paulus. Paulus hielt von Timotheus, der noch recht jung war, große Stücke und übertrug ihm schon große Verantwortung. So sandte Paulus den Timotheus nach Korinth um dort die zerstrittenen und von der richtigen Lehre abgefallenen Geschwistern in der Gemeinde zu erinnern an die Wege des Paulus, wie er überall lehrt, und sie zu ermahnen damit sie wieder Nachahmer von Paulus zu werden (1.Kor 4,16-17)
Paulus erwähnt Timotheus sehr häufig in seinen Briefen, nicht nur als Co-Autor, sondern auch als tadelloses Vorbild:
Ich hoffe aber in dem Herrn Jesus, Timotheus bald zu euch zu senden, damit auch ich ermutigt werde, wenn ich erfahre, wie es um euch steht. Denn ich habe sonst niemand von gleicher Gesinnung, der so redlich für eure Anliegen sorgen wird; denn sie suchen alle das Ihre, nicht das, was Christi Jesu ist! (Phil 2,19-20)
Paulus berichtet auch über eine Gefangenschaft von Timotheus, höchstwahrscheinlich als dieser ihn in Rom besuchte, und dass er aber wieder freigelassen wurde:
Ihr sollt wissen, dass der Bruder Timotheus freigelassen worden ist; wenn er bald kommt, will ich euch mit ihm besuchen. (Hebr 13,23)
Timotheus gehörte zu jenen wenigen Mitarbeitern von Paulus, die ihm bis zu seinem Tod die Treue hielten und ihn unterstützen, während andere abfielen und sich von Paulus wieder abwandten. So wurde Timotheus auch die Ehre zuteil, dass Paulus seinen allerletzten Brief vor seinem Martertod an ihn richtete: den 2.Timotheusbrief
Eusebius berichtet, dass Timotheus der erste Bischof von Ephesus war (Eusebius von Cäsarea, Historia Ecclesiastica Kirchengeschichte (BKV), 4. Kap. Die ersten Nachfolger der Apostel)
Nach der Überlieferung starb Timotheus dort auch den Märtyrertod.